C'est un violoncelle à la main qu'Emmanuelle de Negri entre dans le monde de la musique, avant d'intégrer au Conservatoire de Nîmes la classe de chant lyrique de Daniel Salas, poursuivant en parallèle des études de Lettres Modernes et des cours de théâtre avec Flavio Polizzi (formation Roy Hart).

En 2002, elle est admise au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris, où elle travaille entre autres avec Gerda Hartmann, Kenneth Weiss, Anne Grappotte, Hartmut Höll, Jeff Cohen, Susan Manoff et Olivier Reboul.

Même si elle s'illustre également dans l'oratorio (René Jacobs lui confie le rôle-titre du Martirio de Sant’Agnese, de Pasquini dirigé par Alessandro di Marchi et mis en scène par Vincent Boussard au Festival d’Innsbrück en 2008), c'est dans le registre de l'opéra qu'elle est particulièrement remarquable et remarquée, tant elle allie à ses qualités vocales un véritable talent de comédienne. Ainsi, elle a déjà interprété les compositeurs les plus divers, dans les genres les plus variés sur de nombreuses scènes prestigieuses.

Depuis ses études au CNSM de Paris, son répertoire opératique est des plus éclectiques. Ainsi, elle a été Barberine (Folles Journées, d'après Les Noces de Figaro, dirigé par Alain Altinoglu – 2004) et Despina (Cosi Fan Tutte, dirigé par Yann Molénat – 2008), le pâtre de Tosca, mis en scène par P. Caurier et M. Leiser, et dirigé par J.Y.Ossonce sur la scène d'Angers-Nantes Opéra en 2008, Tonina dans Prima la musica, poi le parole de Salieri à la Cité de la Musique, sous la direction de Laurence Equilbey et mise en scène par Claude Buchwald – 2006 ou encore Clorinda dans la Cenerentola en 2007 (mise en scène de Jeanne Roth et Edouard Signolet).

Elle est le Berger dans Tosca de Puccini dirigé par Jean-Yves Ossonce et Léoena dans La Belle Hélène d’Offenbach dirigé par Hervé Niquet à Angers-Nantes Opéra ; elle participe à la production Fairy Queen de Purcell sous la direction de William Christie à Aix-en-Provence et a été choisie par René Jacobs pour tenir le rôle-titre du Martirio de Sant’Agnese de Pasquini dirigé par Alessandro di Marchi et mis en scène par Vincent Boussard au Festival d'Innsbruck.

Elle interprète avec le même bonheur le baroque (Oberto dans Alcina de Haendel, dirigé par Nicolau di Figueredo – 2007 ; de nombreuses et régulières avec les Arts Florissants), l'opérette (François de Carpentries fait d'elle le Cupidon d'Orphée aux Enfers en 2005, ce qu'a fait également Yves Beaunesne à Aix-en-Provence en 2009, direction d'Alain Altinoglu dans les deux cas ; elle est Guillaume dans La Chanson de Fortunio à l'Opéra Comique en décembre 2009 et Loena dans La Belle Hélène en 2008 sous la baguette d'Hervé Niquet) ou l'opéra du 20ème siècle (Miles dans The Turn of the screw – 2007 ; Soeur Mathilde dans les Dialogues des Carmélites, en 2005 ; le rôle d'Yniold dans Pelléas et Mélisande en 2005, aux côtés de Natalie Dessay, Laurent Naouri, Jean-François Lapointe et Robert Lloyd, avec le Royal Scottish National Orchestra dirigé par Stéphane Denève, un rôle qu'elle retrouvera d'ailleurs en 2008 à l'Opéra de Tours dans la mise en scène de Gilles Bouillon sous la direction de Jean–Yves Ossonce).

On trouve aussi à son répertoire Cavalli (les rôles d’Elena et Aura dans Ercole Amante sous la direction de Gabriel Garrido en 2006), Belli (la Première Grâce dans l’Orfeo dolente en 2007 avec le Poème Harmonique de Vincent Dumestre), Destouches (la Jeunesse dans Le Carnaval et la Folie)...

On a fréquemment pu l'entendre avec les Arts Florissants, que ce soit à l'occasion de la 4ème édition du Jardin des Voix, dans un programme de Songs and Catches ou dans Fairy Queen (Purcell), ou dans Susanna d'Haendel et bientôt dans un programme consacré aux Grands Motets. Elle retrouve William Christie pour la reprise de Fairy Queen, celle d'Atys de Rameau et dans le rôle de Belinda dans Dido & Aeneas (2010 et 2012).

En 2008, Emmanuelle de Negri est lauréate HSBC de l’académie européenne de musique.

En 2011, il est à l'affiche d'Atys de Lully à l'Opéra Comique dans une mise en scène de Villégier.