Martin Kušej est né le 14 mai 1961 à Wolfsberg (Autriche). À vingt-trois ans, il sort diplômé de l’Ecole supérieure de musique et des arts de la scène de Graz.

Sa première mise en scène de Karl Schönherr, Es, date de 1987. Six ans plus tard, sa vision de Kabale und Liebe, de Schiller, lui vaut en Allemagne le prix du Jeune metteur en scène.

Il travaille régulièrement, entre autres salles, au Staatschauspiel de Stuttgart (qu’il dirige en 1993-1994) et au Burgtheater depuis 1999, montant notamment Grabbe, Grillparzer, Goethe, Horváth ou Sarah Kane. Ses débuts à l’opéra remontent à 1996. Depuis, il a travaillé à Vérone, Zurich, Berlin, Amsterdam, Munich, Vienne ou Salzbourg.

Il monte ainsi Fidelio de Beethoven, Salomé et Elektra de Strauss, collabore fréquemment avec Harnoncourt, s’attaque à Carmen, de Bizet, à Otello ou à Macbeth, de Verdi… La reprise de sa mise en scène de la Lady Macbeth de Mzensk de Chostakovitch à l’Opéra Bastille en 2009 est très remarquée.

Nommé trois fois pour le prix Nestroy, il finit par l’obtenir en 2009 pour Der Weibsteufel.

Depuis 2011, Martin Kušej a succédé à Dieter Dorn au poste de directeur artistique du Residenztheater de Munich. A ce jour, il y a signé trois mises en scène, dont Hedda Gabler d'Ibsen et Die Anarchistin de David Mamet, tout en continuant son travail à l'opéra (dernièrement : La Forza del destino de Verdi, au Bayerische Staatsoper).