Fils d’émigrants russes, né au Chili, où il étudie la philosophie et la psychologie, Alejandro Jodorowsky émigre à son tour en France à l’âge de 24 ans, pour se former au mime auprès d’Etienne Decroux. Collaborateur du mime Marceau (il écrira pour lui ses plus célèbres pantomimes, dont La cage et Le fabriquant de masques), il se lie à la même époque avec Fernando Arrabal et Roland Topor, avec lesquels il fondera le mouvement « Panique ».

En 1962, il s’installe au Mexique. Commence alors une intense période d’activité théâtrale, pendant laquelle il met en scène les œuvres de Arrabal, Beckett, Ghelderode, Gogol, Ionesco, Nietzsche, Strindberg et écrit ses premières pièces.

En 1967, il se tourne vers le cinéma et réalise Fando et Lis, d’après Arrabal. Suivront El Topo, La Montagne Sacrée, Tusk, Santa Sangre et Le Voleur d’arc-en-ciel.

Entre temps sa passion pour la bande dessinée s’exprime dans sa collaboration avec Moebius, d’où naîtra le cycle de L’Incal, vendu à plus d’un million d’exemplaires. Il collabore ensuite avec de nombreux dessinateurs, dont  : Arno (Alef Thau), Georges Bess (Le Lama blanc, Les jumeaux magiques, Annibal 5, Juan Solo), François Boucq (Face de lune, Trésors de l’ombre, Le Bouncer), Zoran Janjetov et Fred Beltran (Avant l’Incal, Mégalex, Les Technopères), Juan Gimenez (La Caste des Métabarons), Milo Manara (Borgia)...

Parallèlement, il entame une œuvre d’écrivain avec des romans et des essais traduits dans plusieurs langues dont : Les Araignées sans mémoire (Humanoïdes Associés, 1980), Le Paradis de perroquets (Flammarion, prix Humour noir 1985), Enquête sur un chemin de terre (Acropole, 1988), L’arbre du Dieu pendu (Métallié, 1992), Le Théâtre de la guérison (Albin Michel, 1995), Le doigt et la lune (Albin Michel, 1997), L’enfant du jeudi noir (Métallié, 2000), La tricherie sacrée (Dervy, 2001), La danse de la réalité (Albin Michel 2003), Les pierres du chemin (Le veilleur & Maelström, 2004), La voie du Tarot (Albin Michel, 2004)…

En 2000 il écrit pour le théâtre Opéra panique, qu’il met en scène à la MC 93 de Bobigny. Suivront Le rêve sans fin (création et tournée italienne en mai 2007 à Turin, puis en tournée au Festival en el Centro Historico de Mexico, mise en scène de l’auteur), L’école des ventriloques (création en février 2008 au Théâtre de la Balsamine de Bruxelles, mise en scène de Jean-Michel d’Hoop, en tournée en France, Russie et Chili en 2009), Le gorille (création en mai 2008 au Fenice Festival de Poggibonsi, mise en scène de l’auteur) et Trois vieilles (création au Festival de Spa 2009, mise en scène de Jean-Michel d’Hoop).