C’est en pratiquant la scène dès son plus jeune âge que Jean Manifacier forge les bases de son métier d’homme de théâtre. Pour répondre à une demande toujours plus grande des musiciens et chanteurs classiques, il entame un travail sur les liens qu’entretiennent la musique et les arts de la scène.

Après la création de plusieurs spectacles musicaux autour du répertoire lyrique, sa collaboration avec Les JMF lui offre un laboratoire grandeur nature. Il travaille avec le Quatuor Modigliani sur la musique contemporaine, avec François Lazarevic autour de la musique ancienne et traditionnelle ainsi qu’avec la violoniste Amanda Favier. Fort de ces expériences, il écrit le spectacle Du rouge à l’âme pour Amanda Favier, travaille sur la scénographie de Harry’s Hippo à la demande de la harpiste Isabelle Perrin.

Une première collaboration a lieu avec l’Orchestre de Paris en 2004 pour le concert Orchestre sans Frontière au Théâtre Mogador dont il signe la scénographie avec Emmanuelle Ricard. Il écrit et met en scène le spectacle La Soprano, le ténor et autres curiosités…, qui explore, le temps d’un concert, les rapports entre opérette et absurde.

Dans le même temps, il se produit aussi sur scène, ainsi à l’Opéra de Lyon pour Le petit voyage dans la lune mis en scène par de Laurent Pelly ou au Théâtre du Châtelet dans Le chanteur de Mexico mis en scène par Émilio Sagi. Il est aussi le récitant de la grande fresque fermière Le coq, la mouche et l’autour du compositeur Thierry Besançon au Zénith de Pau.

En 2007, il écrit et met en scène Touche à Touche pour le duo de pianistes Fromentin Plancade. La même année, Georges François Hirsh lui commande l’écriture et la mise en scène du 40ème anniversaire de l’Orchestre de Paris à la Salle Pleyel et sera sa troisième collaboration avec l’orchestre. Il met en scène l’opéra Pantin Pantine d’Alain Leprest et Romain Didier avec l’Orchestre de Pau et Clotilde Courau.

En 2008 met en scène Clotilde Courau dans le spectacle musical En douce.