Bertrand Cuiller débute à huit ans le clavecin avec sa mère, Jocelyne Cuiller. Pendant ses études au Conservatoire de Nantes, où il apprend également le cor avec Marcel Ollé, il commence à travailler avec Pierre Hantaï, auprès de qui il étudiera pendant de nombreuses années.

A dix-sept ans, il entre au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris dans la classe de Christophe Rousset, ainsi qu'au CNSM de Lyon dans la classe de cor de Michel Garcin-Marrou. Avec ce dernier, il étudiera aussi le cor naturel au CNSM de Paris. Il se perfectionne en cor auprès d'André Cazalet.

Encore étudiant, il remporte en 1998 le troisième prix au concours international de clavecin de Bruges, puis sort du Conservatoire diplômé à l’unanimité des classes de clavecin et basse continue.

Bertrand Cuiller se produit en soliste dans de nombreuses villes d’Europe, dans des festivals et lieux prestigieux comme les Folles Journées, la Roque d’Anthéron, la Cité de la Musique, Saintes, Utrecht, Arques-la-Bataille, Sablé, Pontoise, les Concerts Parisiens, le Printemps des Arts de Nantes, ainsi qu’aux Etats-Unis, au Japon...

Il privilégie particulièrement la musique de chambre, et joue la basse continue dans les Basses réunies de Bruno Cocset, la Rêveuse (Benjamin Perrot & Florence Bolton), les Lunaisiens (Jean-François Novelli & Arnaud Marzorati), ainsi qu’avec la violoniste Hélène Schmitt ou le violoncelliste Emmanuel Balssa.

Ouvert à d’autres formes d’art, en association avec la musique - théâtre, littérature, Bertrand Cuiller travaille avec la comédienne Louise Moaty sur un concert optique, La Lanterne Magique de M.Couperin, ainsi que sur une adaptation des Mille et une Nuits dans la traduction d’Antoine Galland, et a créé avec elle un spectacle réunissant la musique de D’Anglebert et les Lettres Portugaises de Guilleragues. En alternance avec Olivier Baumont, il a joué aux côtés de Nicolas Vaude et Nicolas Marié dans le Neveu de Rameau (Diderot) au Théâtre du Ranelagh (reprise à l'automne 2009).

Son premier disque, Pescodd Time, sorti chez Alpha et consacré à William Byrd, Peter Philips et John Bull, a été chaleureusement accueilli par la critique : Diapason d'or, Choc du Monde de la musique, Joker de Crescendo, 9 de Classica, ainsi qu'un coup de coeur de l'Académie Charles Cros.

Paru en 2009 chez Mirare, l'enregistrement de concerti pour clavecin de JS Bach avec Stradivaria et Daniel Cuiller reçoit en décembre le Choc de l'Année de Classica et Gramophone Critic's Choice.

Bertrand Cuiller a joué pendant plusieurs années au sein de grands ensembles baroques français comme Les Arts Florissants, Le Concert Spirituel, Le Poème Harmonique et Stradivaria.

Il s’intéresse aussi au répertoire contemporain, et a créé des oeuvres de Jean-Yves Bosseur et Olivier Mellano. Il joue avec ce dernier dans La Chair des Anges, un concert réunissant clavecins, quatuor à cordes et vocal, guitares électriques et orgue.