Marie-Bénédicte Souquet a commencé à étudier la musique à la Maîtrise de Radio-France. Après une Licence de musicologie à la Sorbonne, elle poursuit sa formation au Centre de musique baroque de Versailles, ce qui lui permet de se produire en concert sous la direction d’Olivier Schneebeli, Christophe Rousset, Ton Koopman, Christophe Coin, Jean-Claude Malgoire …

En 2000, elle entre au Conservatoire de Paris (CNSMDP) dans la classe d’Isabelle Guillaud et obtient en juin 2004 son prix de chant avec mention très bien à l’unanimité. Elle entre en cycle de perfectionnement en octobre de la même année, et suit parallèlement la formation de l’Atelier lyrique de l’Opéra de Paris.

Elle a chanté la Reine de la Nuit dans La Flûte enchantée de Mozart, mise en scène par Lukas Hemleb et dirigée par Alain Altinoglu, Fanny dans La Cambiale di Matrimonio de Rossini, Le soleil dans L’esprit de la forêt, création de Pascal Diez mis en scène par Sugeeta Fribourg, Marie dans Les Mousquetaires au couvent de Varney, Belinda dans Didon et Énée de Purcell, Dorothée et Armide dans Geneviève de Brabant de Offenbach, avec la troupe des Brigands (coproduit par les Musiciens du Louvre), puis une fille fleur dans Parsifal de Wagner sous la direction de Pierre Boulez à la Cité de la Musique, elle est la doublure de Sémire dans les Boréades de Rameau dirigé par W. Christie, elle chante Missia dans La Veuve joyeuse de Franz Lehar, et Susanne dans les Noces de Figaro sous la direction d’Alain Altinoglu et mis en scène par Emmanuelle Cordoliani.

En juillet 2004, elle gagne le prix du Staatsoper de Dresde au concours international du Belvédère à Vienne pour le rôle de la Reine de la Nuit. Elle est par la suite invitée par le Semperoper de Dresde pour y interpréter ce même rôle. Dans le cadre de ses études à l’Atelier lyrique de l’Opéra de Paris, elle chante Despina dans Cosi fan Tutte et Sylvia dans L’Isola Disabitata.

Cette saison, elle chante Elvira dans L’Italiana in Algeri à l’opéra de Massy, puis, avec la troupe de l’opéra de Fribourg, elle chante à travers la France et la Suisse le rôle de Flaminia dans Il Mondo della Luna de Haydn. Elle sera également la Reine de la nuit dans La Flûte enchantée dans le cadre du festival d'Opéras en plein air à Paris et en Ile-de-France.