Après un premier contact avec le théâtre aux côtés de Georges Wilson Othello puis de Benno Besson Hamlet et Comme il vous plaira, Nicole Aubry participe en 1979 à la création de La Conférence des Oiseaux en Avignon, mise en scène par Peter Brook.

Cette rencontre est déterminante dans son parcours : elle l’accompagne pendant 19 ans dans de nombreuses aventures théâtrales -La Tragédie de Carmen, La Cerisaie, La Tempête, Le Mahabaratha, Impressions de Pélléas, Oh les beaux jours, Don Giovanni...- en tant qu’assistante décorateur, costumière, régisseur et assistante à la mise en scène.

En 1998, elle rejoint Irina Brook lors de la tournée de Une Bête sur la lune de R. Kalinosky, pour participer ensuite, en tant que collaboratrice artistique, à toutes ses créations théâtrales.

Elle l'assiste pour Danser à Lughnasa de B. Friel créé au Théâtre de Vidy-Lausanne, pour Résonances de K. Burger au Théâtre de l'Atelier à Paris, La Ménagerie de verre de T. Williams toujours à Vidy.

Elle co-signe l’adaptation de Une Odyssée, d’après le texte d’Homère, ainsi que celle du roman de Thornton Wilder, Le Pont de San Luis Rey.

Parallèlement elle met en scène Le Phare de Thimothée de Fombelle avec Clément Sibony au Théâtre du Marais, puis réunit Isabelle Carré et Romane Bohringer dans Hugo à deux voix au Théâtre de l’Atelier, tout en poursuivant aussi un travail d’écriture et d’adaptation de divers textes pour le théâtre.

En septembre 2005, elle met en scène La Musica de Marguerite Duras, avec Marianne Denicourt et Bernard Yerlès, au Théâtre de l’Atelier, puis elle dirige Romane Bohringer et Pascal Greggory dans l’oratorio d’Arthur Honneger, Jeanne d’Arc au bûcher, à l’Opéra de Strasbourg.

En juillet 2006, pour l’ouverture du Festival du Haut Limousin, elle met en scène La Belle Maguelonne, cycle de romances de J. Brahms sur des poèmes de L. Tieck. Aux côtés de la pianiste Susan Manoff, le baryton Vincent le Texier et la comédienne Rona Hartner interprètent les nombreux personnages de ce conte dont Nicole Aubry propose ici une réécriture complète.

À l’automne 2006, elle retrouve Isabelle Carré au Théâtre du Rond Point dans Comment dire, un spectacle qui réunit la musique classique, la musique traditionnelle africaine, la danse et des textes poétiques de différents auteurs.