Il est Generalmusikdirektor à Cologne, réunissant la direction artistique de l’Opéra et de l’orchestre du Gürzenich. Il est nommé Principal Guest Conductor du London Symphony Orchestra à compter de la saison 2017-2018. Son répertoire s’étend de la musique du XVIIe siècle aux œuvres contemporaines et couvre tous les genres : musique symphonique, opératique et chambriste. En 2003, il crée Les Siècles, orchestre d’un genre nouveau qui joue chaque répertoire sur les instruments historiques appropriés. Leurs disques Stravinsky ont été élu «Meilleur enregistrement de l’œuvre » dans la tribune des critiques sur France Musique et ont remporté le prestigieux Jahrespreis der Deutschen Schallplatten Kritik en Allemagne et le prix Edison Klassiek aux Pays-Bas. En 2013, il célèbre avec Les Siècles le centenaire du Sacre du printemps de Stravinsky. L'éditeur Boosey & Hawkes leur donne l'autorisation exclusive de jouer la version de la création de l'œuvre (1913) sur les instruments d'époque, au cours d’une tournée qui les mène aux BBC Proms et à l'Alte Oper de Francfort.

Proposant des programmes inventifs et modernes, sa direction incisive et inspirante est reconnue internationalement. Il travaille régulièrement avec les plus grands orchestres : l’orchestre philharmonique de Berlin et la Staatskapelle de Berlin, le Royal Concertgebouw, le Boston Symphony and la Tonhalle de Zurich. Avec le London Symphony Orchestra, il explore pendant deux saisons l’héritage musical de la période post-romantique.

En tant que chef titulaire du SWR Sinfonieorchester Freiburg & Baden-Baden, de 2010 à 2016, il a dirigé plusieurs fois à Londres (BBC Proms), Hambourg et dans les festivals de Lucerne et Berlin.

Avec cet orchestre, il a enregistré le cycle des poèmes symphoniques de Richard Strauss, et a dirigé des créations de Yann Robin, Georg-Friedrich Haas, Simon Steen-Anderson and collaboré avec Wolfgang Rihm, Jörg Widmann et Helmut Lachenmann.

Pour sa seconde saison à l’Opéra de Cologne, il propose les deux opéras de Ravel : L’Enfant et les sortilèges et L’Heure espagnole, Benvenuto Cellini de Berlioz et Les Noces de Figaro de Mozart.

Avec le Gürzenich Orchester, il poursuit son projet avec le compositeur Philippe Manoury, l’orchestre lui ayant commandé trois créations. Il partira également en tournée avec l’orchestre en Asie en Février 2017.

François-Xavier Roth consacre également une grande part de son activité à la pédagogie. Il dirige l’étonnant LSO Panufnik Composers Scheme chaque année à Londres et avec les Siècles et le Festival Berlioz, il créé en 2009 le Jeune Orchestre Européen Hector Berlioz, orchestre-académie rejouant le répertoire berliozien sur instruments d’époque.

François-Xavier Roth est aussi à l’initiative de nombreux projets pédagogiques multimédia avec notamment France Télévisions et l’émission Presto.

En août et septembre 2016, François-Xavier Roth propose deux productions d’opéra à Cologne : Benvenuto Cellini et les deux opéras de Ravel : L’Heure Espagnole et L’Enfant et les sortilèges. François-Xavier Roth dirigera par ailleurs à nouveau le London Symphony Orchestra avec trois séries de concerts, le Boston Symphony Orchestra, le BBC Symphony orchestra dans le Requiem de Berlioz. Il fera ses débuts également avec l’orchestre de la Tonhalle de Zürich et le Radio SinfonieOrchester Berlin à la Philharmonie de Berlin. Parmi ses projets : Les Noces de Figaro de Mozart à Cologne.