Né à Buenos Aires en 1943 d'une famille d'artisans passionnément musiciens, Juan José s'initie au bandonéon avec son père, en s'imprégnant des traditions de la musique populaire d'Argentine, il commence le piano à 7 ans et devient musicien professionnel à 17 ans.

De 1962 à 1976, il travaille avec les plus grands orchestres et solistes d'Argentine. Il se produit entre autres avec José Basso, Leopoldo Federico, Astor Piazzolla, Osvaldo Pugliese, Susana Rinaldi, Edmundo Rivero, Horacio Salgan, Jorge Dragone, Ernesto Baffa... Au cours des mêmes années, il fonde, avec le bandonéoniste Daniel Binelli, son premier ensemble, Guardia Nueva, qui s'avère une expérience riche et originale du tango d'avant-garde. 

En 1977, il s'installe en France, qu'il choisit comme nouvelle patrie musicale. Il y retrouve d'autres musiciens argentins avec lesquels ils crée Tempo Argentino. Il enregistre un album, Tango Rojo, où l'on retrouve le pianiste Gustavo Beytelmann, le flûtiste Enzo Gieco et le guitariste Thomas Gubitsch.

En 1978, il concrétise un vieux rêve en enregistrant un disque de bandonéon solo Don Bandoneon avec la participation de l’écrivain Julio Cortázar.

En 1982, il crée un Trio en complicité avec le pianiste Gustavo Beytelmann et le contrebassiste Patrice Caratini avec qui il enregistre 3 CD (La Bordona, Imagenes et Violento).

Il compose également des musiques de films (avec Eric Serrat pour Léon de Luc Besson et Gabriel Yared pour Wings of courage de Jean Jacques Annaud, Jeanne et le Garçon Formidable d'Olivier Ducastel...) et se produit sur scène avec Lalo Schiffri