Marie-Hélène Estienne a pris part à de nombreux projets en tant qu’auteur ou assistante de production au théâtre comme au cinéma. Après avoir été journaliste au Nouvel Observateur et aux Nouvelles Littéraires, elle devient l’assistante de Michel Guy, travaillant auprès de lui à la programmation du Festival d’Automne à Paris.

En 1974, elle travaille avec Peter Brook sur le casting de Timon d’Athènes, puis rejoint le Centre International de Créations Théâtrales (CICT) en 1977 pour la création de Ubu aux Bouffes et devient assistante de production sur tous les projets à partir de cette date.

Elle est l’assistante de Peter Brook pour La Tragédie de Carmen, Le Mahabharata, puis elle collabore à la mise en scène de La Tempête, Impressions de Pelléas, Woza Albert ! et de La Tragédie d’Hamlet (2000). Elle travaille à la dramaturgie de Qui est là ?, de L'Homme Qui et de Woza Albert !.

Elle est co-auteur avec Peter Brook de Je suis un phénomène présenté au Théâtre des Bouffes du Nord (1998) et réalise l’adaptation en langue française de la pièce Le Costume d’après Can Themba, créée en 1999 au Théâtre des Bouffes du Nord ainsi que de Far Away de Caryl Churchill, créée au Théâtre des Bouffes du Nord en 2002.

Elle collabore à la mise en scène et co-signe le texte français avec Jean-Claude Carrière de La Tragédie d’Hamlet créée en 2002 ainsi que le texte de La Mort de Krishna.

Elle réalise par la suite l’adaptation en langue française de Ta main dans la mienne de Carol Rocamora, signe en 2003 l’adaptation théâtrale du Grand Inquisiteur de Fédor Dostoïevski puis en 2004 celle de Tierno Bokar à partir d’oeuvres d’Amadou Hampaté Bâ.

Elle signe l’adaptation française de Sizwe Banzi est mort d’Athol Fugard, John Kani et Winston Ntshona (2006) et co-écrit avec Peter Brook l’adaptation de Fragments de Samuel Beckett (2007).

Elle est l’auteur des versions en français et anglais de Tierno Bokar et d’Eleven and Twelve d’après Amadou Hampaté Ba en 2005 et en 2009. Elle cosigne la mise en scène avec Peter Brook de Fragments, cinq pièces courtes de Beckett et participe avec Peter Brook et Franck Krawscyk à la création d’Une Flûte enchantée d’après Mozart et Schikaneder.

On la retrouve également pour The Valley of Astonishment créé en 2013, dont elle assure le texte et la mise en scène avec Peter Brook.